核酸與蛋白質的相互作用是細胞內眾多生理過程得以實現的決定性因素之一，了解哪些核酸和蛋白之間存在相互作用、闡明核酸與蛋白互作的位點(和可能的結構)，對于理解核酸-蛋白互作復合物在調節細胞過程或信號轉導途徑中所起的作用至關重要。目前可用于檢測核酸蛋白互作的技術很多，主要可分為兩類：以核酸為中心的檢測方法和以蛋白為中心的檢測方法。

以核酸為中心的檢測方法有酵母單雜交，ChIRP，RNA/DNA pull down等，此類技術可以檢測與特定核酸互作的多種蛋白。

酵母單雜交

原理：在報告基因啟動子上游添加目的DNA序列，將待測蛋白與AD（轉錄激活域）融合表達，若DNA與待測蛋白存在互作，則AD激活報告基因表達。

優勢：能夠鑒定ChIP等技術難以檢測到的低豐度和組織特異性的蛋白，并能用來確定和細化蛋白具體結合位點，通過構建酵母單雜交文庫可以獲得眾多與特定DNA序列存在互作的蛋白或TF。

ChIRP

原理：利用核酸探針富集特定RNA，與RNA存在互作的染色質、蛋白、DNA等物質也被富集，利用測序或質譜等技術分析與RNA存在互作的蛋白和DNA等物質。

優勢：既可用于研究RNA、蛋白質、DNA三種物質的互作，也可用于RNA-蛋白質、RNA-DNA（或RNA）兩種物質之間互作；利用CHIRP聯合MS或測序，可以在細胞中尋找與目的RNA存在互作的所有蛋白和DNA（或RNA）。

RNA/DNA pull down

原理：利用核酸探針直接富集與特定RNA或DNA互作的蛋白，利用質譜等技術分析與RNA/DNA存在互作的蛋白信息。

優勢：實驗流程和周期較短，核酸探針設計范圍廣。