Pipetty電動移液器在豬藍耳病毒檢測(實時RT-PCR)中的應用_abio生物試劑品牌網
方案詳情:
一、實驗原理
實時RT-PCR 檢測豬藍耳病(PRRS),核心是針對豬藍耳病病毒(PRRSV,RNA 病毒)的實時 RT-PCR 技術:先通過逆轉錄將病毒 RNA 轉為可擴增的 cDNA,再經 PCR 循環(變性、退火、延伸)使病毒靶序列指數級增長;過程中利用熒光物質(如 TaqMan 探針)實時監測,熒光信號隨靶序列增加同步增強;最終以熒光達閾值的循環數(Ct 值)判斷 —Ct 值越小病毒量越高,結合陰 / 陽性對照,實現對病毒的特異定量檢測。
二、? 實驗準備
1、設配和材料
① Pipetty電動移液器MSIC01-03-250、MSIC01-02-1000及配套吸頭;
② 熒光PCR 儀;
③ 高速臺式冷凍離心機(4 ℃,離心速度 12 000 r/min 以上);
④ 混勻器;
⑤ 冰箱(2℃~8 ℃、-20 ℃和-70 ℃);
2、試劑和材料
① 商品化的 RNA 提取裂解液;
② 三氯甲烷;
③ 異丙醇(-20 ℃預冷);
④ DEPC 水;
⑤ 75%乙醇;
⑥ dNTPS(含 dATP、dTTP、dCTP、dGTP,各 10 mmol/L);
⑦ RT-PCR 反轉錄系統:AMV或 M-MLV反轉錄酶、Taq酶;
⑧ PRRSV-1 實時 RT-PCR 引物與探針序列
引物與探針序列根據 GenBank 中歐洲株 ORF6/ORF7 保守區域序列設計,引物的序列為:
上游引物 P1:5'-CAGATGCAGAYTGTGTTGCCT-3';
下游引物 P2:5'-TGGAGDCCTGCAGCACTTTC-3';
探針序列 P3:5'-(FAM)ATACATTCTGGCCCCTGCCCAYCACGT(TAMRA)-3';
⑨ PRRSV-2 實時 RT-PCR 引物與探針序列
引物與探針序列根據 GenBank 內美洲株 ORF7/3'UTR 保守區域序列設計,引物的序列為:
上游引物 P1:5'-GCACTGATTGACAYTGTGCC-3';
下游引物 P2:5'-CGCATGGTTCTCGCCAAT-3';
探針序列 P3:5'-(FAM)AGTCACCTATTCAATTAGGGCGACCG(TAMRA)-3'。
三、實驗步驟
1、樣本總 RNA 的提取
a) 取滅菌的 1.5 mL離心管,基于樣本數量進行編號。每管加入 600 μL 細胞裂解液,使用Pipetty電動移液器,設置連續分液功能,然后分別加入被檢樣本、陰性對照、陽性對照、空白對照(無核酸酶水)各 200μL,每加完一個試劑換用一個吸頭,再各加入 200 μL 三氯甲烷,在混勻器上振蕩混勻5 s。于4 ℃經 12 000 r/min 離心 15 min。
b) 取相同數量滅菌的 1.5 mL離心管,加入 500μL異丙醇。吸取各管中的上清液(至少 500 μL)轉移至相應的管中,并顛倒混勻。
c) 于4 ℃經 12 000 r/min 離心 15 min,小心倒去上清液,倒置于吸水紙上吸干液體,然后加入600 μL 75%乙醇進行洗滌。
d) 于4 ℃、12 000 r/min 離心 10 min,小心倒去上清液,倒置于吸水紙上吸干液體。
e) 64 000 r/min 離心 10 s,將管壁上的殘余液體甩至管底部,用微量移液器吸干液體,室溫干燥3 min。
f) 使用Pipetty連續分液模式,加入 11 μL DEPC水,混勻模式,自動混勻,以溶解管壁上的 RNA,2 000 r/min 離心5s,置于冰上備用。提取的 RNA 應在 2h內進行 RT-PCR 擴增,否則應置于-70 ℃冰箱保存。
2、分別使用引物和探針,檢測 PRRSV-1 和 PRRSV-2。實時 RT-PCR 反應體系見表 3。設置混勻模式,將各種試劑充分混勻,2 000 r/min 離心 2 min。將 15 μL 實時 RT-PCR 反應混合液加入 PCR 反應管,然后加入 10 μL樣本 RNA 模板,密封反應管,500 r/min 離心30s。將所有檢測樣本的PCR 管放入熒光 PCR 儀中。每次進行實時 RT-PCR 檢測均應設陽性對照、陰性對照及空白對照。
3、反轉錄,42 ℃(AMV)或 50 ℃(M-MLV)30 min;預變性,92 ℃ 3 min;預擴增,92 ℃ 變性 10 s,45 ℃ 退火 30 s,72 ℃ 延伸 1 min,5 個循環;擴增,92 ℃變性 10 s,60 ℃ 退火延伸 30 s,40 個循環。在擴增階段每次循環的 60 ℃ 退火延伸時收集熒光信號。
四、結果判定
1、試驗成立條件:陽性對照的 Ct 值應<28 且出現特異性擴增曲線,陰性對照應無 Ct 值或Ct 值≥40 且無特異性擴增曲線,試驗結果有效,否則,應重新進行試驗。
2、被檢樣本 Ct 值≤30 且出現特異性擴增曲線,判為陽性;當無 Ct 值或 Ct值≥40,判為陰性;當30
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